Попробуй так:
copy /b VTS_01_1.VOB + /b VTS_01_2.VOB +...+ /b VTS_01_N.VOB /b RES.VOB
"/b" - важны (копировать как бинарные файлы)
потом просмотри полученный RES.VOB на предмет стыковки частей и особенно стыковку двух дисков, если все ок - можно попробовать пережать

хотя, если в первой части звук действительно на секунду короче видео, то наверно не получится.... (но может эта секунда - погрешность проги которой мерял)

и я не понимаю как ты тогда делеем исправил? ведь как ни крути - секунду фильм будет без звука