Вобщем клеим аудио дорожку *.AC3 к *.mkv.
Я юзаю версию mkvmerge GUI 2.0.0, так что пишу как в ней клеить.
1. Запускаем прогу (mmg.exe)
2. Работаем с вкладкой input, больше никуда не лезем
3. В окошке input files Нажимаем кнопку add и выбираем файл HDTV в формате *.mkv
4. Ещё раз нажимаем кнопку add и выбираем нужную аудио дорожку в формате *.AC3
5. Смотрим теперь в окошко Tracks расположеное ниже и видим в нём видеодорожку и все аудиодорожки которые были упакованы в контейнере mkv, а также вместе с ними видим и аудиодорожку, которую мы собираемся прилепить
6. По умолчании флажки стоят везде, но если одна из дорожек ненужна (например английская) то снимаем галочку напротив неё (на названия, а собствено отличие в названиях дорожек не обращаем внимание)
7. В окошке Tracks один раз кликаем по аудиодорожке, которую мы врезаем, и чуть ниже во вкладке General track option вводим название дорожки в строке Track name (например "Дорожка 2"). В строке Language выбираем язык дорожки, который будет отображатся пры выборе его в плеере при просмотре. Строку Cues Не Трогаем, она нам не нужна
8. Теперь при желании можно по умолчанию установить аудиодорожку, которая будет запускаться при запуске фильма. Для этого в окошке Tracks выбираем нужную аудиодорожку и во вкладке General track option устанавливаем флажок напротив Make default track
9. В строке Output filename указываем путь сохранение нашего проекта (желательно выбрать папку отличную от той где хранится оригинальный файл .*mkv).
10. Нажимаем кнопку Start muxing и идём курить или пить кофе. На зоздание нашего файла уйдёт примерно 3-5 минут.

Имеем ввиду, что Matroska (.*mkv) это не формат сжатия, а просто контейнер, объеденяющий мультимедиа информацию.