Вопрос, можно ли как нить организовать кодирование видео в VirtualDubMod в паралельном режими на два сервера? Ну что б побыстрее.

нельзя. Windows Server 2003 Compute Cluster Edition, которая могла б распараллелить нагрузку на несколько серверов ещё не вышла. а когда выйдет, то я сомневаюсь что кодеки будут понимать такие вещи как кластеризация вычислений (может в версии 10.0 ). хотя со временем вполне возможно. кластер, обеспечивающий повышение производительности можно сделать на UNIX, но опять же все упирается в работу кодека, который будет это обрабатывать. кодеки не понимают кластеризацию. только специально заточенный серверный софт способен работать на нескольких серверах одновременно, как единое целое.

Хорошо , что уже придумали поддержку НТ на кодек 6.1- это уменьшило кодирование процентов на 30-40 (в частности на моей тачке с двумя XEON)