для этого потребуются :
MKVextractGUI152
Elecard.XMuxer.Pro.v2.0.60518
1.вытаскиваем видео/аудио в MKVextractGUI

2.полученые Track1.ts и Track2.ac3 добавляем в Elecard XMuxer Pro(на ошибки при добавлении Track1.ts игнорируем)

на выходе получаем 100% нормальный *.ts файл

Удачи!