Подскажите чем наиболее оптимально можно конвертировать HDTVRip-ы (матроска, H 264). Пробовал разными программами и не только в xvid, но и в divx и в Н 264 с уменьшением разрешения, в независимости от использованных кодеков изображение на итоговом файле ощутимо дергается.

Я не спец, по таким рипам, но мне кажется дело в скрипте, который вы используете. Можете его выложить?