AC3Fix оставляет место с кликом, после которого падает уровень звука.
Besweet (besplit\besliced) нагло вырезает куски с ошибками и появляется рассинхронизация.

Лучшее, что смог пока придумать - прогнать файл сначала через ac3fix, а потом через besplit. Ошибок около 20. AC3Fix чинит где-то половину, besplit остальные. Рассинхронизация почти незаметна, но всё равно неприятно.

Чем-нибудь ещё можно попробовать починить?