VirtualDub предназначен только для работы со звуковыми дорожками в формате CBR MP3 (т.е. MP3 с постоянным битрейтом) и WAV. Кроме того, последние версии VirtualDub некорректно сохраняют фрагменты видео, разрезая совсем не по указанным кейфреймам.

Поэтому, для сборки видео со звуком следует использовать VirtualDubMod, который поддерживает различные форматы звука.
Или, в качестве альтернативы, можно воспользоваться утилитой AviMux.

Где скачать?

P.S. Кроме самого VirtualDubMod, не забудьте скачать и установить свежий build *.exe файла - во избежание ошибок в работе программы!