В том и дело, что склеить можно, надо только добиться, чтобы параметры перекодирования были идентичны тем каким то приватным параметрам, при которых кодился исходник(и исходник и рекодинг одного формата, одно разрешение, один кодек x264)

Есть исходник, разбиваю его на части 1,2,3...N
Перекодирую часть 2. В мквмерге собираю 1,2recode,3...
На стыке 1 и 2recode сбой.
Вернее, пока это дело на забросил, клеил только 2recode и 3, сбой был между ними.

Мастера, а не сталкивались со следующей проблемой при склейке, взял я оригинальный файл разбил как мне было надо, отдельные части перекодировал(мегуи). Собираю матроску снова, мквмерге ругается варнингом, что в склеиваемых частях разная длина Codec's Private Data. Она таки действительно разная, у оригинального рипа и частей, которые неперекодировались она составляет 68(как потом выяснил, кто видимо чем и как кодирует, те и получают разные длины этих данных, у рипов Септика 68, у рипов Есира за 100, не помню точно). А вот после перекодировки мегуи, с какими только профайлами не делал, получаю значения от 38 до 40. На финальной матроске при переходе между местами склеек, декодер отдает копыта, возникают цифровые артефакты, фризится в испорченном виде последний кадр перед склейкой, плэйр идет по времени дальше.